近年来，国家不断加大科技投入力度，国家财政科技拨款持续增长，2021年达到10766亿元，是2010年的2.56倍；2019—2022年，连续3年稳定在1万亿元以上。另外，通过减免税等政策鼓励企业研发投入，2020年国家税收对企业研究费用加计扣除减免税和高新技术企业减免税两项合计4583亿元。在其带动下，我国科技研发经费总量不断增长，2021年，R&D经费内部支出达到2.8万亿元，升至世界第二位，研发投入强度2.44%。
党的二十大报告提出“提升科技投入效能，深化财政科技经费分配使用机制改革，激发创新活力”，这是党中央基于实施创新驱动发展战略对财政科技经费管理提出的更高要求。在科技投入不断加大情况下，必须通过实施科技经费预算绩效管理，着力提升科技投入效能。
“三个导向”是推进财政科技经费预算绩效管理的总指针
习近平总书记在2020年科学家座谈会、2021年科技“三会”的讲话中明确指出，要抓好完善科技评价制度的基础改革，坚持质量、绩效、贡献为核心的评价导向。2021年国务院办公厅印发了《关于完善科技成果评价机制的指导意见》，贯彻习近平总书记关于科技评价“三个导向”的原则，围绕科技成果“评什么”“谁来评”“怎么评”“怎么用”作出了部署，要求重点抓好完善评价制度等基础改革，坚持质量、绩效、贡献为核心的评价导向。
质量导向：质量导向对科研经费管理的指导意义在于，国家科技投入要优先、重点支持具有较强创新性的科研项目。衡量科技计划专项和科研项目最关键的指标，主要不是资助了多少个项目、多少家单位得到资助、发表了多少文章、获得多少专利等面上的数量指标，更重要的是项目成果的“成色”，成果创新水平突出原创性、引领性，即便不属于原创性的成果，至少应对某项关键核心技术水平有明显提升。
绩效导向：科研成果要走出实验室进入转化应用，切实发挥创新驱动发展和国家战略支撑作用。与欧美等发达国家相比，我国科研成果转化应用水平尚存在较大差距，科研不仅要“繁花似锦”，更要的是结出硕果，提高转化应用水平要有具体措施，要有系统性的制度安排。绩效导向需要回答和解决“谁出题”“谁来干”“谁来评价”等问题。要面向产业需求提出问题，广泛听取和征求企业和产业界的意见，这样项目才能更有助于成果转化。企业作为成果应用方应在创新团队中发挥重要作用甚至牵头作用，组建产学研协同的创新联合体，让科研活动紧贴产业技术需求。另外，“谁来评价”也是影响科研绩效的重要制度安排，必须改进“圈子评价”“抬轿式评价”等重立项轻结项的科研生态环境。
贡献导向：科技创新成果广泛应用于经济和社会发展，产生巨大的经济价值和社会价值，才能体现对经济社会发展的实际贡献。如袁隆平先生团队培育的杂交水稻，让中国人的饭碗牢牢端在自己的手里；“两弹一星”大大提升了中国的国际地位和国家航天科技和国防科技水平。
质量导向、绩效导向和贡献导向具有紧密的逻辑关系，质量导向是前提、是基础，绩效导向是扩展、是科技与产业融合，贡献导向是目标、是结果。只有高质量的创新成果，后面的成果转化和驱动发展才有可能。因此，质量导向应成为科技计划项目和经费管理的重中之重，科研管理、经费管理和评价制度都应围绕营造质量导向科研生态展开。对创新性强的项目，充分满足其经费需求，对创新性较低的项目从严控制经费预算，对维持技术现状的项目，不应给予经费支持。通过调整科技经费支出结构，不断提高可投入产出效益。
突出预算绩效评价政策引导功能
预算绩效评价不仅可以发挥科技资源配置指挥棒作用，对推动引导科研组织创新、科技体制改革和科研生态营造也具有重要引导作用。
引导注重成果质量，突出科研增值评价。按照科研经费放管服要求，将过程评价交给承研单位，对项目和单位整体支出的绩效评价，重点是评价项目和单位的科研成果质量。同时，关注项目和科研主体资源投入的匹配性、经济性。
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引导资源统筹、财尽其用。优化科技计划资金配置结构，引导资金投入到国家最急需、最急迫的地方。通过预算绩效评价促进科研主体经费统筹，一些科研主体存量资金规模较大，但多数固化在课题组，单位层面统筹力度较弱，制约了服务国家战略和本单位发展，运用绩效管理提高集聚整合资金办大事的能力。
引导科研组织创新，发挥举国体制优势。通过绩效评价促进科研组织方式优化，尊重不同类型项目研究特点，对基础研究类项目本着信任、宽容的态度，鼓励科研人自由探索。对关键核心技术攻关类项目，通过评价发现项目组织实施中的传统惯性问题，引导项目联合攻关、产学研融合。通过设置相关评价指标引导科研组织方式现代化，发挥举国体制优势，在资金保障、结余资金使用、新立项项目支持等方面提出政策支持建议。
引导促进体制机制改革，营造良好科研生态。聚焦制约科研经费使用绩效的专项统筹顶层设计、立项、验收和专业机构实施能力等，发挥问题诊断功能。在营造良好科研生态方面发挥作用，兼顾效率与公平，促进项目生成机制科学化、公平化。
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构建全链条全方位的科技经费预算绩效评价体系
近年来，财政科技经费管理持续加力，简化经费支出科目，下放项目预算调整权，加大间接经费提取比例和使用灵活性，劳务费比例无限制，结余资金留用，财务验收与任务验收合并等，弱化经费过程管理，赋予了科研人员经费使用更大自主权。同样重要的是，推进财政科技经费绩效管理，树立绩效理念，完善交账机制，将预算绩效评价理念和方法融入项目评价、机构评价、成果评价和人才评价等现有的科技评价制度中，构建全链条、全方位的预算绩效管理体系，能更好发挥财政科技投入导向和杠杆作用。
一是加强国家科技计划专项资源配置事前评估。把好概算评估关口，专项概算是国家根据财力和研发需求配置财政科技经费的“水龙头”，承担着贯彻国家科技创新支持政策的重要功能。要从实施方案相符性、统筹充分性、创新程度与资金匹配性、组织实施合理性、投入渠道搭配性，多维度科学测算专项研究任务资金需求，突出立项创新质量，体现轻重缓急，将有限财政科技经费配置到急需、紧迫的原始创新和重要领域的核心技术攻关，提高财政经费使用绩效，为高水平科技自立自强提高有力资金保障。突出专项和项目目标管理，强化交账机制。将绩效目标融入专项项目研究目标，构建系统性、可考核的专项总目标、项目和课题目标，引领项目研究更加注重产出质量和贡献。
二是建立完善符合科研规律的项目预算绩效评价体系。实行项目分类评价，对于基础前沿类研究项目重点评价其原始创新取得的进展；对于关键核心技术攻关类项目应突出技术应用导向，评价的着力点是“用”，即能不能用、好不好用。
三是开展部门、单位整体绩效评价。对承担科技资源配置的主责部门开展部门整体支出绩效评价，促进政府科技管理职能转变，促进部门提高资源统筹能力和政策供给能力。对科研单位和高等院校开展单位预算整体绩效评价，应以资金为主线，重点评价单位资源配置与单位职责定位是否相符、国家有关项目和经费管理政策落实情况、人才培养、科研组织方式优化和产出所作贡献。加强对承担国家科技计划专项具体组织实施的专业机构的绩效评价，强化交账机制，加强监督，防范道德风险，促进项目立项、验收机制科学化。
四是强化评价结果运用。对绩效评价较好的专项项目和科研团队，在立项和延续支持等方面可以适当倾斜。对成果质量不高、贡献不明显的专项项目和团队，严格控制预算。
优化评价组织 找准预算绩效定位
基础研究以同行评议为主，应用研究以行业用户和社会评价为主，引导规范第三方评价。
对科技计划管理部门、承担专项组织实施的专业机构和承研单位开展支出整体评价，是预算绩效评价重点。同时，减少微观层面的项目预算绩效评价，将其交给管理部门、单位和学术组织。项目评价由单体评价逐步转向项目群评价。如近些年对自然科学基金“杰青”项目、创新群体项目的评价等。为了全景观察重点项目实施的科学、技术、经济、社会和文化价值，重点项目绩效评价应实行全生命周期回顾式评价，评价时点可以选择在结题几年后再开展，以减少占用科研人员的时间和精力。优化评价组织，加强部门协同、评价发起方与评价对象的工作协同，实行信息成果共享，避免重复评价。